Добрый день!
Работа Excel в качестве сервиса, официально не поддерживается Microsoft https://support.microsoft.com/en-us/kb/257757#kb2
Microsoft does not currently recommend, and does not support, Automation of Microsoft Office applications from any unattended, non-interactive client application or component (including ASP, ASP.NET, DCOM, and NT Services), because Office may exhibit unstable behavior and/or deadlock when Office is run in this environment.
Это ограничение обошли в Энергосфера 8.0, там используем другую библиотеку.
Для версии 6.5 можете воспользоваться инструкцией из вложения, начать можно с 6 пункта.