"Центр экспорта/импорта" не показывает сертификаты, у которых нет связи с закрытым ключом.
Ознакомьтесь с инструкцией из справки на программу - Приложение 1:
При рассылке сообщений Программой для корректного использования ЭЦП следует скопировать следующие сертификаты, установленные для локального пользователя, в хранилище сертификатов для локального компьютера:
- личный сертификат закрытого ключа пользователя
- корневой сертификат УЦ АО "АТС"
Для этого выполните действия шага 3 п. 6.3.2 "Установка сертификата закрытого ключа из ключевого носителя eToken" для каждого из сертификатов. При выполнении указанных действий инструкции в окне "Сертификаты" в контейнере секретного ключа в поле "Введенное имя задает ключевой контейнер" следует выбрать флажок "Компьютер".